С чего начинаются войны, которые поглащают и уничтожают целые расы? Кто виноват в начале конфликтов, которые остаются незаживающей раной ещё долгие годы? Насколько далеко может зайти человеческая глупость, и чего это может стоить всему человечеству? Ответы на эти вопросы вряд ли когда-нибудь будут найдены, но одно ясно уже сейчас: войны никто не бывают случайными. Лондо Моллари, находясь под контролем Стража, наблюдал как его собственный мир гибнет от рук Дракхов. Этим он заплатил за сотрудничество с тенями. Единственное утешение, которое было у него, так как дети оставшиеся рядом. Чтобы усыпить своего хозяина, Моллари решил отвлечся от того, что происходило вокруг. Увидев двух детей, он решил расскзать им историю, в которой будет то, что хотят услышать дети. Он выбрал историю войны людей и минбарцев, начавшуюся из-за непонимания традиций, самодовольства и глупости. Этот конфликт поглотил все земные колонии, а вскоре добрался и до самой колыбели человечества. Уже не надеясь на победу, все корабли, которые могли сражаться, вышли в последний бой с врагом. Когда, казалось, надежды уже не оставалось, случилось невозможное - минбарский флот прекратил огонь и замер, словно ожидая своей судьбы. Человек, которого минбарцы захватили в плен для допросов, оказался носителем души минбарца. Миф о том, что души минбарцев переселяются в людей, ожил - «минбарцы не убивают минбарцев». Так, ценой случайности, человечество было спасено от полного уничтожения.
С момента открытия Вавилона 5 прошло не так уж и много времени. Для проведения торжественной церемонии на станции начали собираться послы различных рас, которые надеялись на то, что Вавилон 5 сможет выполнить своё предназначение. Однако не всем это было по нраву. Вскоре было совершено нападение на посла Ворлонской Империи, Коша, прибывшего недавно на станцию. Главный врач станции решил сделать всё, дабы спасти умирающего, и для этого ему пришлось раскрыть скафандр, защищающий истинный облик Коша от посторонних глаз. Дабы раскрыть загадку нападения, было решено воспользоваться услугами телепата Литы Александр, которая просканировала ворлонца и увидела события своими глазами. Оказалось, что нападавшим был ни кто иной, как командир станции Джефри Синклер. В это мало кто мог поверить, тем более сам командир. На станции был проведён суд, после которого было решено признать Синклера виновным. В то время как на станции полным ходом шло повторное изучение всех фактов, к Вавилону 5 прибыл ворлонский тяжелый крейсер. Наведя орудия на станцию, ворлонцы потребовали выдать им винового для проведения суда. Но к этому времени уже было известно, что Синклер был не виноват. На самом деле, на Вавилон 5 прилетел человек на нарнском корабле, который, пользуясь развитой технологией, принял облик командира и в таком виде отравил Коша. Синклер и Гарибальди решили поймать преступника, однако после того, как шефа службы безопасности подстрелили, командиру пришлось действовать одному. В то время как сигналы с камер шли прямиком на ворлонский корабль, Синклер сломал устройство и показал ворлонцам, истинное лицо убийцы, которым оказался минбарец. На последнем издыхании он активировал взрывное устройство, висевшее на его поясе. Взрыв был такой силы, что Вавилон 5 сошёл с орбиты и начал стремительно приближаться к Эпсилону 3. И лишь благодаря действиям экипажа станцию удалось спасти, а после того, как ситуация с покушением на Коша была окончательно разобрана, а сам посол пришёл в себя и восстановил силы, на Вавилоне 5 началась запланированная церемония.
Возвращаясь с боя с пиратами, эскадрилья под командованием Ивановой случайно обнаружила в гиперпространстве дрейфующий объект огромных размеров. Было решено доставить его к станции, для подробного изучения. Чтобы артефакт прошёл через врата гиперпространства, их пришлось максимально расширить, и, не смотря на всю опасность дестабилизации воронки, операция была выполнена. К этому моменту на Вавилон 5 прибыла Элизабет Трент из «межпланетных экспедиций». Узнав об артефакте, она предположила, что это не простой артефакт, а врата, открывающие проход в неизвестное пространство. В то время как люди на Вавилоне 5 начали сходить с ума, учёные приступили к сбору информации с, поглощающего энергию станции, артефакта, в Лите Александр проявилась ворлонская сущность, рассказавшая правду об объекте. Оказалось, что тысячи лет назад ворлонцы, считая себя венцом эволюции и развития, открыли эти врата и выпустили в наш мир существ из третьего пространства, которые тут же начали атаковать всех и вся. Понеся огромные потери, им всё-таки удалось закрыть проход и чтобы больше ни кто не смог повторить их ошибку, они отправили артефакт в гиперпространство, надеясь, что там его никто и никогда не найдёт. Однако в то время, как Лита закончила рассказывать историю, артефакт активизировался и открыл дверь в третье пространство. Все союзные корабли прибыли к Вавилону 5, дабы отразить первую волну наступления расы, считавшей, что только они имеют право на существование. Однако силы противника были куда более мощными, чем предполагали союзники. Выход был один, и Шеридан им воспользовался. В то время как одна часть флота отвлекала корабли врага, а другая пробивала небольшую брешь в экранах артефакта, капитан Вавилона 5 в скафандре отправился к нему, дабы заложить ядерную бомбу и взорвать объект изнутри, уничтожив угрозу раз и навсегда. Ему удалось установить заряд и активировать таймер, но оказалось, что внутри артефакта были стражи, не желавшие уничтожения врат. Флот, защищающий Вавилон 5 понёс сильные потери, отражая первую волну, и в то время, как вот-вот была готова начаться последняя битва, исход которой решал дальнейшую судьбу галактики, прогремел мощный взрыв, поглотив почти все вражеские суда.
Во время раскопок на одной из планет, жители которой вымерли тысячи лет назад, археолог по фамилии Брайтон нашёл древнюю Галерею Шепота, где вот уже долгое время покоятся сферы с душами различных созданий, собранными охотниками. Проникновение в святилище не осталось не замеченным, и вскоре на экспедицию напал корабль охотников. Все члены экспедиции были убиты, кроме Брайтона, успевшего спастись и забрать с собой одну из сфер, в которой были заключены души жителей целой планеты. Убедившись в том, что его поиски имеют смысл, он прибыл на Вавилон 5, дабы постараться убедить главу «Эдгарз Индастриз», Майкла Гарибальди, продолжить финансирование его поисков. Одновременно с этим на станции разгорелся конфликт между командованием Вавилоном 5 и владельцем голографического борделя. Дабы доказать свой успех, Брайтон решил освободить души из сферы, и сделал он это как раз в тот момент, когда к станции прибыл корабль с охотником за душами. Рискуя жизнью, он решил попробовать остановить беспокойных духов, которые начали вселяться в голограммы из борделя, но безуспешно. Спасая охотника, капитан Вавилона 5 Элизабет Локли сама подверглась воздействию духов, и в то время как её тело впало в кому, её душу затянуло в сферу, где она узнала жестокую правду о том, что случилось на планете и как души её жителей попали в эту сферу. Оказалось, что охотники увидели то, что хотели, а не то что было на самом деле, и захватили души не умирающей расы, а расы, переходящей на новую ступень развития и существования подобную ворлонцам. Очнувшись, Локли помнила о разговоре с одним из представителей погибшего мира и знала о том, что в сфере были заключены не просто души, а живые и очень обозлённые существа. Их целью стала месть охотникам, и ради этого они были готовы взорвать станцию. Чтобы предотвратить это и доказать своим братьям правдивость рассказа Локли, охотник решил пожертвовать своей жизнью и отдать душу пленённым душам мира, которых погубили охотники много столетий назад.
В тайне от всех, на одной из верфей Межзвёздного Альянса полным ходом шло строительство тяжелых крейсеров нового класса. В то время как два корабля этого класса, а именно Виктории и Экскалибур, проходили испытания, техномаг по имени Гэйлен послал Шеридану закодированное послание. В нём он увидел трёх человек, которые должны были сыграть решающую роль в истории Земли и всего Межзвёздного Альянса уже очень скоро. Одной из них оказалась член воровской гильдии Дарина Нафил, чья планета была уничтожена тенями в последние дни войны. Вторым был капитан земного флота, Леонард Андерсон. Они встретились на Вавилоне 5 и унав друг друга отправились на отдаленную планету, уничтоженную тенями. Прибыв туда, они поняли, что планета была уничтожена за неделю до их прибытия, а, найдя на теле погибшего дрази, третьего человека из видений, им стало ясно, что у дракхов есть разрушитель планет теней и они готовы использовать его против Земли, дабы ознаменовать появление в галактике новой могущественной расы. Воспользовавшись помощью капитана Вавилона 5 Элизабет Локли, Шеридан начал созывать союзников на помощь. К моменту прибытия флота дракхов, на орбите Земли были собраны корабли Межзвёздного Альянса и Космического Флота Земли. Вскоре начался крупномасштабный бой, в котором силы Альянса явно проигрывали. Разрушитель планет был уже в опасной близости к Земле, когда капитан Виктории, Леонард Андерсен, и его экипаж, пожертвовали своими жизнями, направив корабль на лобовое столкновение с центральным узлом разрушителя планет дракхов. Ловушка сработала раньше времени и завоевательный поход приспешников теней окончился не так, как они хотели. Разрушитель планет был уничтожен, как впрочем, и почти весь флот, заманенный в свою же ловушку. Но в бегстве, Дракхи решили оставить небольшой подарок для людей, как напоминание о том, что вся сила теней теперь в их руках. Несколько десятков кораблей успели спуститься к планете и распылить в атмосфере вирус теней. Вся Земля была закрыта на карантин – всем кораблям было запрещено покидать планету и приближаться к её орбите. Как подсчитали учёные, у населения планеты осталось примерно пять лет до того момента, как вирус полностью адаптируется и убьёт каждое живое существо на планете.